Kegiatan PUSTEK Kelautan meliputi:
- Penelitian
Mencakup inventarisasi potensi dan pemanfaatan sumberdaya perikanan dan kelautan, model pemanfaatan ruang dan pengelolaan kawasan, teknologi dan rekayasa kelautan, serta kajian kebijakan pengelolaan wilayah wilayah pesisir secara terpadu dan berkelanjutan - Pendidikan dan pelatihan
PUSTEK Kelautan UGM menunjang pendidikan pada jenjang D3, S1, S2, dan S3 sebagai pusat penelitian dalam bidang kelautan dan perikanan. Pelatihan yang diselenggarakan meliputi : Selam Ilmiah, Survei dan Pemetaan Kelautan, Remote Sensing dan Sistem Informasi Geografis (SIG) Kelautan - Pengabdian Pada Masyarakat
Aktif berperan serta dalam pemberdayaan masyarakat pesisir, meliputi penguasaan teknologi, upaya pengelolaan lingkungan termasuk konservasi dan rehabilitasi lingkungan pesisir dan laut. - Dokumentasi dan Publikasi
PUSTEK Kelautan UGM merancang suatu sistim dokumentasi dalam bentuk data base tentang informasi kelautan baik berupa gambar maupun data-data lain yang dapat dimanfaatkan oleh semua pihak. Publikasi dilakukan dalam bentuk penyelenggaraan seminar, lokakarya, penerbitan warta ilmiah (jurnal), dan pembuatan website di internet.
Untuk melaksanakan kegiatan-kegiatan tersebut, PUSTEK Kelautan UGM memiliki lima bidang/program pokok yaitu:
- Pengelolaan Kawasan Pesisir dan Lautan.
- Pemanfaatan dan Konservasi Sumberdaya Hayati Pesisir dan Lautan.
- Teknologi dan Rekayasa Kelautan.
- Pascapanen dan Sosial Ekonomi Sumberdaya Perikanan.
- Pemberdayaan Masyarakat Pesisir.