Indonesia adalah negara bahari dan negara kepulauan terbesar di dunia dengan keanekaragaman hayati laut terbesar (mega marine biodiversity). Luas wilayah Indonesia sebesar 5,8 juta km2 (70% dari luas total Indonesia) adalah berupa lautan, yang terdiri dari 3,1 juta km2 Perairan Nusantara dan 2,7 km2 Perairan Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia (ZEEI). Indonesia sebagai negara kepulauan memiliki 17.508 pulau dan dirangkai oleh garis pantai sepanjang 81.000 km yang merupakan garis pantai terpanjang kedua di dunia setelah Kanada.
Perairan Indonesia yang luas ini terletak di wilayah Indopasifik yang merupakan pusat keanekaragaman hayati lautan, sehingga memiliki sumberdaya hayati yang sangat besar. Potensi lestari sumberdaya ikan yang tersedia di wilayah perairan laut nusantara diperkirakan mencapai 6,7 juta ton per tahun, yang mencakup 4,4 juta ton di perairan laut dan 2,3 juta ton di Zona Ekonomi Eksklusif. Namun potensi tersebut belum dimanfaatkan secara optimal dan tidak merata di berbagai wilayah perairan Indonesia, meskipun terdapat wilayah pengelolaan perikanan (WPP) (terutama wilayah Barat Indonesia) dengan tingkat eksploitasi ikan yang telah melampaui batas maksimum. Selain itu wilayah bahari Indonesia juga memiliki sumberdaya non hayati diantaranya berupa keanekaragaman budaya masyarakat pantai, lalu lintas perairan internasional, dan jasa-jasa lingkungan kegiatan pariwisata bahari. Sumberdaya-sumberdaya tersebut sangat potensial dikembangkan sebagai aset nasional.
Pada sisi lain, pengelolaan terhadap sumberdaya kelautan Indonesia belum dilakukan dengan baik (lestari dan berkelanjutan). Perusakan, pemanfaatan berlebihan, sumberdaya yang belum termanfaatkan, dan upaya pelestarian yang tidak terintegrasi menyebabkan sumberdaya kelautan Indonesia terus mengalami penurunan kualitas dan kuantitas. Kondisi ini sangat berpengaruh pada penurunan produksi perikanan, degradasi habitat serta penurunan pendapatan nasional dan devisa negara.
Universitas Gadjah Mada yang memiliki sumberdaya intelektual dari berbagai disiplin ilmu serta fasilitas penunjang (Pusat Studi, Stasiun Penelitian, Laboratoria) yang sangat potensial, merasa terpanggil untuk berperanserta secara aktif dalam upaya pengelolaan dan pengembangan sumberdaya dan teknologi kelautan. Kegiatan penelitian dalam bidang kelautan yang telah dilakukan oleh beberapa Fakultas maupun pusat-pusat studi di lingkup UGM merupakan embrio penting yang melatarbelakangi ide pembentukan Pusat Studi dalam bidang Kelautan dan Perikanan di UGM.
Untuk itu, para pakar UGM yang mempunyai kepedulian besar terhadap pengembangan bidang kelautan, telah membuat kesepakatan untuk mendirikan Pusat Studi Sumberdaya dan Teknologi Kelautan Universitas Gadjah Mada yang disingkat PUSTEK Kelautan UGM, yang dikukuhkan secara resmi dengan Surat Keputusan Rektor UGM Nomor: 71/J01/OT/99.